على الرغم من الجهود المبذولة لتطبيق مبادئ إدارة الجودة الشاملة في المؤسسات التعليمية السعودية، فإن هناك فجوة بين التوقعات العالية لتحسين جودة التعليم والنتائج المحققة فعليًا. مع العلم إلى إشارة بعض الدراسات السابقة لوجود تحسن ببعض الجوانب، مثل مستوى تحصيل الطلاب ورضا الموظفين، إلا أن هناك تحديات مستمرة تعيق التوسع في تطبيق هذه المبادئ. وتتمثل هذه التحديات بنقص الوعي الكافي لمفهوم الجودة الشاملة لدى بعض الإداريين والمعلمين والموظفين، وصعوبة دمج هذه المبادئ في الثقافة المؤسسية السائدة، بالإضافة إلى قيود الموارد المالية والبشرية، وضعف انظمة القياس والتقييم.